Использовал для обновления Magento (from 1.9.0.1 to 1.9.3.

следующий алгоритм; работает хоть и не безпроблемно, но намного более эффективно, чем попытки обновления движка, предпринимаемые из Magento Connect Manager:
Upgrading Magento via SSH is usually much simpler than via the magento downloader. To upgrade follow these simple steps.
1. First backup. Download a copy of your database, and backup your files. You can make a zip of them.
2. Set the permissions for mage:
3. Run mage-setup and sync:
Code:
./mage mage-setup .
./mage sync
4. Upgrade Magento:
Code:
./mage upgrade-all --force
If that doesn’t work, try:
Code:
./mage install http://connect20.magentocommerce.com/community Mage_All_Latest --force
5. It’s always a good idea to run the indexer and clear the cache:
Code:
php shell/indexer.php reindexall
rm -rf downloader/.cache/ var/cache/
You’re all done.
Интересно, что фраза "If that doesn’t work, try this" отражает вполне реальное положение вещей: действительно, один и тот же сайт на разных серверах требует для обновления движка по ssh то одной, то другой команды, а иногда и попеременного запуска обоих. Будем надеяться, что дальнейшие патчи Magento способны устанавливаться ценой несколько меньших усилий.