Ну, отключите SeoGenerator и проверьте, что все ок... в частности - проверьте, открыв исходный код любой страницы, что она по-прежнему index, follow. Больше ничего он за собой не потянет. Хотя, повторюсь, видимо - версия глючная, у меня этот плагин без проблем признает приоритет прописанных вручную метаданных.
Что касается "Похожих статей" - не пользуюсь этим расширением, и могу лишь предположить, что работает не напрямую со статьями, а - с разделами и категориями. Если прописать для него таковые - разве это не решит проблему?
